1、感染：任何一种关节手术均有感染可能。但如消毒严密、操作正规，关节镜检查可避免术后感染。
2、神经损伤：关节镜插入部位偶可发生神经损伤。如膝关节附近的隐神经，踝前外侧的腓肠神经等。但这些都是皮神经，有自动恢复机会。肘关节插入关节镜损伤正中神经，膝关节外侧半月板缝合术损伤腓总神经则后果严重，需特别注意。
3、关节滑膜瘘和无菌性骨坏死：有报道显示膝关节行关节镜术后发生滑膜瘘(0.61%)，但制动后可自行愈合。关节镜术后股骨髁与胫骨平台发生无菌性坏死到底是手术操作的结果，抑或膝关节特发性无菌性坏死，目前尚不清楚。
4、血管损伤；多因解剖不清、操作错误所致。如肘前入路损伤肱动脉；膝后入路损伤腘窝血管等。一种特殊的情况是肩腋下入路时，灌注液渗漏到腋窝而压迫腋血管。
5、关节积血：关节内镜下手术后易因渗血而导致关节内积血。如伤及关节囊外血管也可发生。
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