从应用方面，简单的可以分为两大类，就是工业用内窥镜和医用内窥镜。
关于工业内窥镜的种类，从成像形式分为：光学内窥镜、光纤内窥镜、电子内窥镜、CCD视频内窥镜、CMOS视频内窥镜、电动360°内窥镜 。从内窥镜光源种类分为高频荧光灯内窥镜、光纤卤素灯内窥镜、LED内窥镜
关于医用内窥镜分类，按其发展及成像构造分类：可大体分为3大类：硬管式内镜、光学纤维(软管式)内镜和电子内镜。
医疗检查用内窥镜有许多不同的种类，其分类方法各有不同，一般来讲比较通用的有下列三种分类法。在市场销售方面，目前使用zui多的类别以临床上能否改变方向分为硬质镜和弹性软镜两种。
按内窥镜的功能
分为单功能镜及多功能镜。单功能镜是指没有工作通道，仅有光学系统的观察镜;多功能镜指除具有观察镜的功能为，在同一镜身，还具有至少一个以上的工作通道，具有照明、手术、冲洗及吸引等多种功能。
按内窥镜所到达的部位
按内窥镜所到达的部位不同进行分类：分为耳鼻喉内窥镜、口腔内窥镜、牙科内窥镜、神经镜、尿道膀胱镜、电切镜、腹腔镜、关节镜、鼻窦镜、喉镜等。
根据镜身能否改变方向
临床上根据内窥镜镜身能否改变方向进行分类：分为硬质镜和弹性软镜两种。硬质镜(RIGID ENDOSCOPE)为棱镜光学系统，zui大优点是成像清晰，可配多个工作通道，选取多个视角。弹性软镜(FLEXIBLE ENDOSCOPE)为光导纤维光学系统，此光纤内窥镜zui大特点是镜头部分可被术者操纵改变方向，扩大应用的范围，但成像效果不如硬质镜效果好。
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